El Museo el Mogote es un medio de promoción y desarrollo para las comunas de la Península de Santa Elena. Tiene como objetivo dar a conocer la información científica obtenida en las investigaciones arqueológicas y antropológicas que se llevaron a cabo. Está dirigido, sobre todo, a los comuneros y comuneras, con el ánimo de poner en valor los principios de identidad étnica y los procesos de desarrollo histórico vividos por los grupos étnicos de la región.
“Nosotros entendemos a los museos como entidades vivas que deben aportar al reconocimiento mutuo entre seres humanos, que lleve a éstos a comprender a los demás y a respetarlos en su entera dimensión”. Paz Padilla, 2003.
El Centro de Estudios Arqueológicos y Antropológicos de la Escuela Superior Politécnica del Ecuador (CEAA-ESPOL), implementó en Real Alto un museo de sitio donde se difunden las investigaciones del yacimiento arqueológico, así como los estudios antropológicos de los comuneros del sector, para lo cual se desarrollan proyectos de gestión cultural en beneficio de la comunidad.

El Complejo Cultural Real Alto (CCRA) tiene un valor didáctico histórico, social y cultural. Está compuesto por un museo de sitio (El Mogote), una vivienda etnográfica, un huerto experimental, un área de laboratorios y otra de hospedaje para investigadores y estudiantes. A estas construcciones se suma el Sitio Arqueológico REAL ALTO, famoso a nivel internacional por tratarse de las primeras aldeas agro-alfareras, con centro ceremonial, del continente americano, representadas por la cultura Valdivia (4400-1700 A.C.).
El Sitio es de gran importancia para entender el proceso de neolitización de América, no solamente por su largo desarrollo socio-económico, bien documentado en el yacimiento, sino por su antigüedad. Su disposición y función varió a través del tiempo convirtiéndose, en las fases medias y tardías de Valdivia, en un Recinto Ceremonial de importancia regional. 
El museo “El Mogote” se erigió cerca de los restos arqueológicos del asentamiento y de su centro ceremonial. Dispone de laboratorio, sala de restauración, auditorio, cafetería y alojamientos. Su recorrido nos muestra la vida de los antiguos habitantes de la zona de la Península de Santa Elena y cómo la sociedad Valdivia ha mantenido, a través de los siglos, sus tradiciones y costumbres. Nuestro museo presenta de forma didáctica el proceso histórico de la provincia de Santa Elena y su guión museográfico hace énfasis en las sociedades y culturas Valdivia y Chorrera.
El estudio científico y sistemático realizado durante los últimos cuarenta años ha permitido que los arqueólogos reconstruyan la organización socio-económica alcanzada por la sociedad Valdivia, los cambios en el patrón de asentamiento y en general, la complejidad que alcanzó la cultura que ocupó durante 1.400 años el yacimiento. 
La recuperación del edificio y la reorganización de la exposición museográfica en el 2004 permitieron mantener abierto el Museo a los visitantes.

El CCRA fue inaugurado en octubre de 1988, las exhibiciones explican 10.000 años de historia de la península de Santa Elena. Los diversos dioramas, fotografías, dibujos, mapas explicativos, maquetas, murales y la muestra de más de 50 vasijas arqueológicas restauradas y 40 figurinas Valdivia originales, orientan al visitante a la comprensión del desarrollo histórico cultural de la región.

Basándose en las investigaciones realizadas, una sección de la exhibición explica a los visitantes las costumbres de los primeros hombres y el proceso que siguieron hasta llegar a la sociedad moderna. El viejo Adán Lindao, quien fuera uno de los más respetados líderes comuneros de la zona, es el personaje del cómic que narra a lo largo del recorrido las costumbres y tradiciones de los habitantes a Península. 

La casa etnográfica Gaguelzan 

También forma parte de la exposición una casa etnográfica construida con materiales tradicionales del lugar. Muestra de tejidos, trabajos en metales y cerámica realizados por los actuales artesanos de la región, los mismos que se exhiben en el museo como testimonio de la producción local artesanal. 

Se trata de la casa original heredada por José Quimí de la H. casado con Eleuteria Torres Santos (comuneros de Gaguelzan). Fue adquirida, trasladada, y renovada en 1987 en el Complejo Cultural. Para esa fecha la casa tenía más de 70 años de construida. Actualmente funciona como hospedaje y área de reuniones del Club de Tejedoras de la zona.